붉은곰팡이병은 기상조건에 따라 병 발생에 차이가 크다. 보리의 이삭이 패는 시기부터 여물기 전까지 비가 잦고 2~3일 동안 습도가 95% 이상이 지속되면 병이 급속히 퍼질 수 있다.
지역과 품종에 따라 맥류의 생육 상황이 달라지기 때문에 약제 살포 시기도 달라질 수 있으나 이삭이 패기 직전이나 팬 후 병 발생이 우려되는 기상조건에서는 적용약제를 안전사용기준에 맞춰 10일 간격으로 2~3회 뿌려줘야 한다.