열매 색이 진홍색이며 과실 표면에 주름이 생겼을 때가 매운 맛인 캡사이신 성분이 가장 많은 수확 적기로 80% 이상 붉어진 고추는 즉시 수확해 나머지 고추의 숙기를 촉진시켜야 한다.
수확기가 늦으면 탄저병균의 침투로 건조과정에서 탄저병 증상이 발생돼 수량이 감소하고 품질이 저하되므로 탄저병이 예상되는 열매는 착색되면 빠른 시간 내에 수확해 건조한다.
수확 종료 후 병든 고추나 줄기 등 잔재물은 소각이나 제거한다.