축사 내부에 있는 깔짚, 분변을 제거한 후 소독을 실시한다. 축사 내부는 천장 → 벽 → 바닥 순서로 고압분무기(세척기)를 이용해 물 세척과 청소를 실시하고 건조 후 소독을 실시한다.
축사 내부에 가축이 있는 경우 가축에 대해 직접적인 분사는 금지하고 소독 대상의 표면이 흠뻑 젖는다고 느낄 정도로 충분히 소독제를 분무한다. 소독제는 사용 직전에 바로 희석해 사용하는 것이 좋다.