농작물재해보험에 가입하기 위해서는 농협 또는 보험업법에 의한 보험사업자로서 농식품부장관과 농작물재해 보험업무의 약정을 체결한 농작물재해보험사업자와 계약을 맺어야 한다.

보험사고가 발생한 때에는 일정한 자격을 갖춘 손해평가인의 평가에 따라 보험금을 지급한다.
보통 평균 생산액의 70~80%를 보장받을 수 있으며 농가부담 보험료는 약 20% 수준이다.