국내에서 재배되고 있는 고추품종은 품종수가 많고 지역에 따라 재배용도가 다양하므로 단일품종보다는 2개 정도의 품종을 선택하고 재배지의 환경조건과 관리조건 및 소비자의 기호성 등을 고려해 적절한 품종을 선택하는 것이 중요하다.

재배할 품종에 대한 정식시기, 시비관리, 병저항성 등에 대해 잘 파악해 선택하고 특히 신품종 선택시에는 특성과 재배관리 요령 등을 어느 정도 파악한 후 대체하는 것이 안전하다.