고추 육묘상은 모가 자람에 따라 알맞은 온도로 관리해야 하며 낮에는 25∼28℃, 밤에는 15∼18℃정도가 유지되도록 해 고온이나 저온으로 인한 장해를 받지 않도록 관리한다.

모가 웃자라지 않도록 알맞은 온·습도로 관리하고 모 간격을 충분히 유지시키면서 햇빛을 잘 받도록 해 튼튼한 모를 생산한다.
입고병 방지를 위해서는 야간에 저온을 방지하고 육묘상이 과습되지 않도록 주의해야 한다.