고추는 연작, 장기간 강우와 집중호우 등 환경과 기상에 따라 작황이 매우 불안정해 환경장해와 재해로 인한 피해를 줄이기 위해서는 병에 강하고 재해에 강한 품종을 선택해야 한다.

품종 선택방법은 신품종의 면적을 단계적으로 확대하며 2개 정도의 품종을 선택해 재배지의 환경조건과 관리조건, 소비자의 기호성 등을 고려해 적절한 품종을 선택하고 신품종에 대해서는 특성과 재배관리 요령 등을 어느 정도 파악한 후 대체하는 것이 안전하다.