중부지역에서는 8월 하순, 남부지역에서는 9월5일 이전에 착과된 과실은 착색되고 수확이 가능하므로 후기관리가 중요하다.
덜 익은 홍고추를 수확해 바로 건조하게 되면 탈색, 상품성이 낮은 고추가 많이 발생하므로 수확 후 음지에서 후숙(음건) 후 건조시킨다.
탄저병은 과실에서 발생하기 때문에 과실에 약제가 묻도록 밑에서 위로 살포하며 과실에 골고루 묻도록 충분히 살포해야 약제효과를 높일 수 있다.