구제역 백신은 반드시 직사광선을 피하고 냉장상태(2 ∼ 8℃)로 보관한다. 백신이 얼거나 오랫동안 외부에 방치될 경우에는 백신의 성분이 손상돼 효능이 저하될 수 있다.
백신을 운반할 때에는 냉장상태가 유지되는 차량을 이용하고 아이스박스를 이용할 경우 충분한 양의 얼음팩 등을 동봉해야 한다. 구제역 백신은 오일성분이 있어 낮은 온도에서는 점도가 높아 접종에 어려움이 있을 수 있으니 주의해야 한다.