벼는 출수기에 습도가 많고 온도가 높을 경우 세균벼알마름병 발생이 많으므로 출수기 전·후 기상상황에 따라 전용약제를 선택해 이삭도열병과 동시 방제한다.
집중호우로 인한 침·관수 등으로 흰잎마름병 발생이 우려되는 곳은 지하수 등 깨끗한 물을 이용해 농약안전사용에 유의하며 예방 위주로 방제하고 익어가는 논은 벼 뿌리에 산소공급이 원활하도록 물을 2 ~ 3㎝ 얕게 대고 논물이 마르면 다시 대주는 물 걸러대기를 실시한다.