축사 내부에 있는 깔짚, 분변 등을 제거한 후 소독을 실시한다. 축사 내부는 천장, 벽, 바닥 순으로 하고 고압분무기를 이용해 물세척 청소를 실시하고 건조 후 소독을 실시한다.
축사 내부에 가축이 있는 경우 가축에 직접 분사하지 말아야 한다.
소독 대상 표면이 흠뻑 젖는다고 느낄 정도로 충분히 소독제를 뿌리고 소독제는 사용 직전에 바로 희석해 사용해야 한다.
화학적 특성이 서로 다른 계열 소독제의 혼합사용은 금지한다.