미생물제의 장점은 환경에 안전하고 잔류위해 우려가 없어 생육시기와 아무런 관계없이 심지어 수확기에도 사용이 가능하다는 것이다. 또 환경에 대한 안전성과 독성 등에 문제가 없어 사용 횟수에 제한이 없을 뿐만 아니라 미생물제를 사용한 농산물을 먹는 소비자나 농작업을 하는 농업인에게도 안전하다.
화학농약에 비해 방제효과가 지속적이며 사람과 가축에게 독성이 없고 환경생태계에 안전할 뿐만 아니라 소비자의 기호에 맞는 친환경 농산물을 생산할 수 있는 장점이 있다.