장마로 인해 침수가 오래되면 뿌리활력 저하로 식물체가 시들거나 고사한다. 
토양과습에 따른 생리장해과 발생이 우려되며 꽃, 열매 등이 많이 떨어지고 탄저병과 역병이 발생된다. 지주설치 및 끈 등을 이용해 쓰러짐을 방지하고 예방위주의 병해충 방제 실시해야 한다. 
붉은 고추는 비오기 전에 수확해 건조하는 것이 좋다.