4월 중하순∼5월 맥류 이삭이 나오는 시기부터 여물기 전까지 비가 많이 오거나 상대습도가 80% 이상인 날이 3일 이상 계속되면 많이 발생한다. 이삭이 나오는 시기에 비가 올 것으로 예보되면 보리, 밀에 디페노코나졸·프로피코나졸 유제 등을 뿌리면 붉은곰팡이병을 예방할 수 있다. 
재배하는 토양이 습하면 병 발생에 영향을 미치므로 물길을 잘 정비하고 물 빠짐이 나쁜 토질은 배수로를 30㎝ 이상 파 줘야 한다.