벼 토양검정용 시료 채취 시기는 작물 수확 직후에 하며 토양을 고려해 동일한 토양에서 채취한다. 필지별로 W자나 Z자로 이동하면서 5~10개 지점에서 채취한 흙을 큰 그릇에 담아 고루 섞어 500g 정도를 깨끗한 비닐봉투에 담고 각 시료봉투에 시료채취 장소의 지번, 작목, 성명, 연락처를 기재한다.
채취한 토양시료는 농업기술센터에 의뢰해 시비처방서 발급과 지도를 받는다.