고추는 연작, 기상 등 환경에 따라 작황이 불안정하므로 병과 재해에 강한 품종을 선택한다. 재배지의 환경 및 관리 조건, 소비자의 기호성 등을 고려해 단일 품종보다는 두개 정도의 품종을 선택하는 것이 좋다.
재배할 품종에 대한 정식시기, 시비관리, 병 저항성 등에 대해 잘 파악해 선택해야 하며 신품종을 선택할 때는 특성, 재배관리 요령 등을 어느 정도 파악한 후 대체하는 것이 안전하다.