양파 노균병은 감염 시기에 따라 두 단계로 구분한다. 
1차 노균병은 2∼3월 5일간의 평균 기온이 8∼10℃로 낮을 때 일시적으로 발생하는 반면 2차는 4월초 이후 지속적으로 발생한다.
특히 2차는 기온이 낮고 비나 이슬이 맺히는 습한 환경에서 잘 발병하고 4월말 이후 방제 효과가 떨어지는 만큼 서둘러 대처해야 한다.