담배나방은 어린 벌레가 주로 새로운 잎을 갉아 먹거나 열매 속을 파고들어 작물 수량에 직접적인 영향을 주므로 초기 방제가 매우 중요하다. 담배나방의 효과적인 방제를 위해서는 애벌레의 몸집이 커져 고추로 들어가는 3령(길이 약 2~3cm 정도)이 되기 전 예찰을 통해 약제를 뿌려야 한다. 노지와 하우스 모두 담배나방이 발생하나 노지에서 재배하는 고추는 꽃이 피고 열매가 달리는 6월 이후 담배나방 피해를 보기 쉽다.