돼지 설사병 예방을 위해서는 주기적인 소독이 중요하다. 단 오염이 심한 곳에 소독제를 뿌리는 것은 바이러스 제거 효과가 낮다. 돼지 출하로 축사가 비워지면 소독하기 전에 사료 찌꺼기, 분비물, 배설물 등을 축사 전용 세척제(계면활성제)로 깨끗이 씻어낸 후 물기가 없도록 말리고 소독제를 뿌려야 한다.
세척제와 소독제를 함께 사용하면 축사 청소로도 병원체 대부분을 제거할 수 있으나 일부 병원체가 남아 있을 수 있으므로 추가 소독해 깨끗한 환경에서 돼지를 들이도록 한다.