볍씨소독은 약제침지소독법과 온탕소독법이 있다. 약제침지소독법은 적용약제를 물 20ℓ에 종자 10㎏를 볍씨발아기(온탕소독기)를 사용해 30℃에서 48시간 담가 소독한다.
온탕소독법은 60℃의 물 100ℓ에 벼 종자 10㎏를 10분간 담가 소독하고 냉수에 10분 이상 종자를 담금한다.
친환경자재를 이용한 소독은 완벽한 방제가 어렵기 때문에 1차로 온탕소독을 한 후 친환경자재를 활용해 소독하면 효과가 높다.