고추는 빛이 부족하게 되면 과실이 달리는 마디 부위가 상승하고 꽃수가 감소하며 꽃의 소질이 떨어지므로 육묘기간 중 햇빛을 충분하게 받도록 해줘야 한다.
육묘 후기에 절간이 지나치게 길면 광량부족 및 고온관리 등이 원인임으로 낮 동안 충분한 빛을 받을 수 있도록 관리한다.
고추 육묘는 보온위주 관리이기 때문에 고온장해가 발생하기 쉬우므로 환기에 유의하고 고온이나 저온장해가 발생할 때는 생육에 따라 요소 0.2~0.3% 엽면시비를 실시한다.