파종 후 한달 이상 지난 고추 육묘상은 낮에는 23~28℃, 밤에는 20℃ 정도가 되도록 온도를 관리해야 한다.

고추모 웃자람을 방지하기 위해서는 육묘간격을 충분히 확보해서 밀식이 되지 않도록 하고 햇빛을 잘 받을 수 있도록 관리한다. 모판흙이 마르면 모판흙 아래까지 스며들도록
20℃ 정도의 미지근한 물을 오전 10~12시 사이에 주도록 한다. 물주는 횟수는 가능한 적게 하되 한번에 충분히 주고 질소질 비료를 너무 많이 주지 않도록 주의한다.