고추 모종은 잎이 11~13장 나고 꽃이 1~2송이 정도 피었을 때 아주심기하는 것이 좋다.
시설에서 자라 바깥 기온보다 높은 온도에 적응된 모종은 아주심기 1주일 전부터 옮겨 심을 밭에 적응할 수 있도록 관리를 해야 한다. 시설내 온도를 서서히 낮추고 햇빛을 많이 받도록 하며 밤에도 환기를 하고 물주는 양을 줄여야 아주심기 후에 몸살이 적고 뿌리를 빨리 내린다.